Nous sommes à l'ère de la deuxième humanité. Il y en a eu une avant. Il y en aura une... après. En Antarctique, le paléontologue Charles Wells et son expédition découvrent, tout au fond d'un lac souterrain, les restes de squelettes humains d'environ 17 mètres de long. A Paris, le projet d'étude de son fils David sur le rapetissement humain est sélectionné par un tout nouveau programme de recherches, consacré à "l'évolution de notre espèce".
Wells père a retrouvé l'ancienne humanité, Wells fils entrevoit la prochaine humanité, mais ils sont loin encore de savoir la vérité. C'est grâce au soutien et à la passion amoureuse d'une femme, Aurore Kammerer, spécialiste dans la connaissance des Amazones, que sera révélé le plus surprenant des secrets et réalisée la plus folle des expériences, modifiant à jamais l'avenir des générations futures.
Ce roman est suivi par Les Micro humains et La Voix de la terre de Bernard Werber pour former la trilogie Troisième humanité.